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Development and Validation of Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Markers from an Expressed Sequence Tag (EST) Database in Olive Flounder (Paralichthys olivaceus) -
분야 자연과학 > 수학
저자 Jung Eun Kim Young Mee Lee Jeong-Ho Lee Jae Koo Noh Hyun Chul Kim Choul-Ji Park Jong-Won Park Kyung-Kil Kim
발행기관 한국발생생물학회
간행물정보 발생과 생식 2014년, 발생과 생식 제18권 제4호, 275page~286page(총12page)
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목차
부제 :
ABSTRACT
INTRODUCTION
MATERIALS AND METHODS
RESULTS
DISCUSSIONS
REFERENCES
 
 
영문초록
To successful molecular breeding, identification and functional characterization of breeding related genes and development of molecular breeding techniques using DNA markers are essential. Although the development of a useful marker is difficult in the aspect of time, cost and effort, many markers are being developed to be used in molecular breeding and developed markers have been used in many fields. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) markers were widely used for genomic research and breeding, but has hardly been validated for screening functional genes in olive flounder. We identified single nucleotide polymorphisms (SNPs) from expressed sequence tag (EST) database in olive flounder; out of a total 4,327 ESTs, 693 contigs and 514 SNPs were detected in total EST, and these substitutions include 297 transitions and 217 transversions. As a result, 144 SNP markers were developed on the basis of 514 SNP to selection of useful gene region, and then applied to each of eight wild and culture olive flounder (total 16 samples). In our experimental result, only 32 markers had detected polymorphism in sample, also identified 21 transitions and 11 transversions, whereas indel was not detected in polymorphic SNPs. Heterozygosity of wild and cultured olive flounder using the 32 SNP markers is 0.34 and 0.29, respectively. In conclusion, we identified SNP and polymorphism in olive flounder using newly designed marker, it supports that developed markers are suitable for SNP detection and diversity analysis in olive flounder. The outcome of this study can be basic data for researches for immunity gene and characteristic with SNP.
 
 
Olive flounder, Paralichthys olivaceus, Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Expressed sequence tag (EST), Heterozygosity
 
 
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