국내 수수 종자 분석을 위한 프로테오믹스-기반 바이오마커 개발
분야
농학 > 농화학
저자
김진영 ( Jin Yeong Kim ) , 이수지 ( Su Ji Lee ) , 하태정 ( Tae Joung Ha ) , 박기도 ( Ki Do Park ) , 이병원 ( Byung Won Lee ) , 김상곤 ( Sang Gon Kim ) , 김용철 ( Yong Chul Kim ) , 최인수 ( In Soo Choi ) , 김선태 ( Sun Tae Kim )
발행기관
한국환경농학회
간행물정보
한국환경농학회지 2013년, 제32권 제1호, 48~54페이지(총7페이지)
파일형식
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    국문초록
    수수 종자의 품종 간 특이적으로 발현하는 단백질을 동정하여 기능성 유전자를 확보하고 이들 유전자를 이용하여 수수의 기능성 강화 및 품종 판별 기술 개발을 위한 유용 유전자를 확보하고자 프로테오믹스 기법을 이용하여 수수 종자로 부터 단백질을 추출하였다. 추출한 단백질을 이차원전기영동후, colloidal CBB 염색을 통해 품종 별로 발현에 차이를 보이는 단백질을 분석하였다. 총 652 개의 spot들 중에 8개의 단백질 spot들이 발현 정도에 변화를 보였으며, 이들 단백질을 MALDI­TOF/TOF MS와 MASCOT database를 통해 동정한 결과, RNA metabolism (spot 1, spot 4) HSP (spot 2), 저장 단백질 (spot 3, spot 5, spot 6), 산화­환원(spot 8) 관련 단백질 등이 동정되었다. 특히 동정된 단백질은 주로 흰찰수수 (WCS)에서 발현 정도가 높게 나오는 경향을 보였으며, 흰찰수수 (WCS)에서 유일하게 발현 되는 단백질로 Cupin family protein, Gloubulin 등이 동정되었다. DEAD­box helicase는 흰찰수수 (WCS)를 제외한 나머지 세 품종에서 발현되었다. Ribonuclease T2와 Aldo­Keto reductase는 대풍수수 (DPS)를 제외한 나머지 세 품종에서 발현되었다. HSPs는 토종수수 (TJS)에서만 발현 되는 것을 확인하였다. 이들 동정된 단백질들은 수수의 품종 별 특성을 이해하는데 중요한 단서를 제공할 것으로 예측된다.
    영문초록
    Research Article : BACKGROUND: Sorghum (Sorghum bicolor (L.) Moench) ranks as the 6th most planted crop in the world behind wheat, rice, maize, soybean, and barley. The objective of this study was to identify bio­marker among sorghum cultivars using proteomics approach such as twodimensional polyacrylamide gel electrophoresis (2­DE) coupled with mass spectrometry (MS). METHODS AND RESULTS: Proteins were extracted from sorghum seed, and separated by 2­DE. Total 652 spots were detected from 4 different sorghum seed after staining of 2­DE with colloidal Coomassie brilliant blue (CBB). Among them, 8 spots were differentially expressed and were identified using MALDI­TOF/TOF mass spectrometry. They were involved in RNA metabolism (spot1, spot 4), heat shock proteins (HSPs, spot 2), storage proteins (spot 3, spot 5, and spot 6), and redox related proteins (spot 8). Eight of these proteins were highly up­regulated in Whinchalsusu (WCS). The HSPs, Cupin family protein, and Globulin were specifically accumulated in WCS. The DEAD­box helicase was expressed in 3 cultivars except for WCS. Ribonuclease T2 and aldo­keto reductase were only expressed in 3 cultivars except for Daepung­susu (DPS). CONCLUSION(S): Functions of identified proteins were mainly involved in RNA metabolism, heat shock protein (HSP), and redox related protein. Thus, they may provide new insight into a better understanding of the charactreization between the cultivars of sorghum.
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