EvoSNP-DB: A database of genetic diversity in East Asian populations
분야
자연과학 > 화학
저자
( Young Uk Kim ) , ( Young Jin Kim ) , ( Jong Young Lee ) , ( Kie Jung Park )
발행기관
생화학분자생물학회(구 한국생화학분자생물학회)
간행물정보
BMB Reports 2013년, 제46권 제8호, 416~421페이지(총6페이지)
파일형식
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    영문초록
    Genome-wide association studies (GWAS) have become popular as an approach for the identification of large numbers of phenotype-associated variants. However, differences in genetic architecture and environmental factors mean that the effect of variants can vary across populations. Understanding population genetic diversity is valuable for the investigation of possible population specific and independent effects of variants. EvoSNP-DB aims to provide information regarding genetic diversity among East Asian populations, including Chinese, Japanese, and Korean. Non-redundant SNPs (1.6 million) were genotyped in 54 Korean trios (162 samples) and were compared with 4 million SNPs from HapMap phase II populations. EvoSNP-DB provides two user interfaces for data query and visualization, and integrates scores of genetic diversity (Fst and VarLD) at the level of SNPs, genes, and chromosome regions. EvoSNP-DB is a web-based application that allows users to navigate and visualize measurements of population genetic differences in an interactive manner, and is available online at [http://biomi.cdc.go.kr/EvoSNP/]. [BMB Reports 2013; 46(8): 416-421]
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