De Novo Assembly and Comparative Analysis of the Enterococcus faecalis Genome (KACC 91532) from a Korean Neonate
분야
자연과학 > 생물
저자
( Jun Sang Ham ) , ( Woori Kwak ) , ( Oun Ki Chang ) , ( Gi Sung Han ) , ( Seok Geun Jeong ) , ( Kuk Hwan Seol ) , ( Hyoun Wook Kim ) , ( Geun Ho Kang ) , ( Beom Young Park ) , ( Hyun Jeong Lee ) , ( Jong Geun Kim ) , ( Kyu Won Kim ) , ( Sam Sun Sung ) ,
발행기관
한국미생물생명공학회(구 한국산업미생물학회)
간행물정보
Journal of Microbiology and Biotechnology 2013년, 제23권 제7호, 966~973페이지(총8페이지)
파일형식
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    영문초록
    Using a newly constructed de novo assembly pipeline, finished genome level assembly had been conducted for the probiotic candidate strain E. faecalis KACC 91532 isolated from a stool samples of Korean neonates. Our gene prediction identified 3,061 genes in the assembled genome of the strain. Among these, nine genes were specific only for the E. faecalis KACC 91532, compared with all of the four known reference genomes (EF62, D32, V583, OG1RF). We identified genes related to phenotypic characters and detected E. faecalis KACC 91532-specific evolutionarily accelerated genes using dN/dS analysis. From these results, we found the potential risk of KACC 91532 as a useful probiotic strain and identified some candidate genetic variations that could affect the function of enzymes.
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