“Differential methylation status in peripheral blood DNA has been linked to risk of several cancers.”
3 major parameters
FDR q values
# of significant CpGs/gene
mean differences among groups
Selection of 9 sites
ROC receiver operation curve 0.858(85.5%)
CSF3R : methylation 5% 감소시 SCLC 4배 증가
ERCC1 : methylation 5% 감소시 SCLC 1.5배
DNA가 복제되어 새로운 phage particle을 합성하기 전에 bacteria가 phage의 DNA를 절단하는 효소를 생성하기 때문에 제한이 일어난다. 제한효소는 외부의 DNA가 침입해 들어오면 방어기전으로도 작용하는 효소이다. 자신의 DNA는 절단부위를 methylation 시켜서 자신의 제한효소가 자신의 DNA를 자를 수 없게 보호하고
DNA를 절단, 제거하기 위한 방어기전으로 사용된다. 이 때, 자신의 DNA가 제한효소에 인식되어 잘리는 것을 막기 위해 자기 DNA 절단부위의 염기를 methylation 시켜서 보호하고 있다. 이러한 제한효소는 총 3종류로 나눌 수가 있지만 실험실에서는 대부분이 type Ⅱ 가 사용된다.
3. Type II restriction enzyme: 거의
DNA 를 제거하기 위한 방어기전으로 가지고 있는 것이며, 자신의 DNA 는 절단부위의 염기 (adenine, cytosine)를 methylation 시켜서 자신의 제한효소가 자신의 DNA 를 자를 수 없게 보호하고 있다. 제한효소는 3가지로 나눌 수 있으며 실험실에서 사용되는 것은 대부분 Type Ⅱ 이다.
# Type Ⅱ restriction enzyme : 인식부
같은 외부 DNA를 제거하기 위한 방어기전으로 가지고 있는
것이며, 자신의 DNA는 절단부위의 염기( adenine, cytosine)를 Methylation 시켜서 자신의 제한효소가 자신의 DNA를 자를 수 없게 보호하고 있다. 제한효소는 여러
종류가 있는데, 보통 DNA 상에서 4개 이상의 대칭성 염기를 인식하면서 절단한다.