1. Date
Day 1 – 2008년 10월 27일 월요일
2. Subject & Purpose
Digestion of DNA with Restriction Enzyme & Agarose Gel Electrophoresis & Gel Purification
Plasmid pET vector와 FabG gene이 insert된 pET vector를 두 가지 제한효소, BamHⅠ과 NdeⅠ으로 자른 다음 전기영동을 통해 결과를 확인하고 Purification을 한다.
3. Principle
1) Restriction enzy
제한효소가 인식하는 부위는
5'--CCCGGG--3' 5'--CCC GGG--3'
3'--GGGCCC--5' 를 인식해서 3'--GGG CCC--5' 와 같이 수직으로 자르며 이를 blunt end 형태라고 부른다
3. 전기영동(agarose gel electrophoresis)에 의한 유전자의 분리
a. Agarose gel 전기영동 시 DNA의 이동에 영향을 주는 요인들로는 DNA의 분자
DNA electrophoresis(agarose gel)
(1) 기본원리
DNA gel 전기영동 방법은 DNA를 크기에 따라서 분리하는 방법이다. DNA는 backbone의 phosphate group 때문에 전기영동에 사용되는 buffer에서 음전하를 띄고 있으며 두 전극 사이에 위치했을 때 양극 쪽으로 움직이게 되는 기본원리를 갖는다. 이때 DNA분자가 gel matrix사이를
제한효소를 이용한 DNA 절단 및 분석, Ligation
3.1.1. Digestion of DNA with Restriction Enzyme
I. Apparatus
- Water bath, brief centrifuge
II. Reagents
- Plasmid, DDW, restriction enzymes [NdeI, BamHI], restriction enzyme reaction buffer
① NdeI: an endonuclease isolated from Neisseria denitrificans. In molecular biology, it is commonly used as a restriction enzyme.
② BamH
전기영동 tank에 1 X TAE를 넣은 후 gel을 넣는다. (이 때 TAE buffer는 gel이 살짝 잠길 정도로 붓는다.)
④ 2 µl의 100bp DNA ladder를 loading하여 DNA size marker로 사용한다.
⑤ 확인하고자 하는 plasmidDNA를 차례로 DNA loading buffer(1 µl)와 섞은 후, 각각의 well에 loading한다.
⑥ 75V 전압에서 전기영동을 하여, DNA가