2. 4대강사업에 의한 생태계 파괴
4대강에는 각각 생태적으로 중요한 슾지와 지류들이 있다. 이런 슾지나 지류들을 보존하고 공사로 인한 피해가 없도록 막아야하는데 공사로 인해 파괴되고 없어지는 경우들이 많다. 친환경 생태 습지, 공원들을 조성하여 멸종 위기의 생태종들을 보호하
지금 그 어느 때보다 환경문제에 대한 관심이 높아져 있음을 볼 수 있다. 2017년 5월에 제주포럼‘전략적 파트너십을 위한 라운드 테이블’에서는 제주국제자유도시개발센터(JDC)와 제주특별자치도가 제주의 생태와 문화적 가치를 극대화할 수 있는 사업을 지향해야 한다는 의견들이 나왔다고 한다.
환경연구원의 '낙동강 부유물질 및 탁도 조사' 결과에 따르면 합천군 청덕면 적포교 부근의 지난 4월 평균 부유물질 농도가 공사 전에 비해 무려 4배나 급증한 것으로 분석됐다.
도보건환경연구원은 4대강 공사에 따른 낙동강 수질을 합천보 상·하류(율지교, 적포교)와 함안보 상·하류(남지교, 임해진),
환경오염의 사전예방(pollution prevention)에는 한계가 있었다.
둘째, 국토개발 에너지 등 환경과 밀접한 관련이 있는 여러 정부정책을 입안하는 과정에서 사전에 환경문제를 충분히 배려하는데 미흡했다. 실례로 주변 환경용량에 대한 배려 없이 개발사업을 추진하여 결국 심각한 환경오염을 초래한 시화