분야
hwpRT-PCR
DNA 에서는 exon과 intron이 있으므로 DNA를 template로 하는 경우에는 exon과 intron이 모두 증폭될 수 있다. 하지만 intron은 exon에 비해서 매우 크기 때문에 exon 중에 몇 개를 한꺼번에 증폭하려면 DNA로는 힘들다. 더구나 intron sequence는 일부를 제외하고는 중요성이 떨어진다고 인식되어 밝히지 않은 것이 많아 GenBank에서도 찾을 수 없는 경우가 많다. 이러한 이유 때문에 mRNA를 template로 해서 PCR하는 방법을 RT-PCR(Reverase Transcriptase-Polymerase Chain Reaction)이라고 합니다. 이 경우는 앞에서 설명한 PCR을 시행하기 이전에 RNA로부터 DNA를 합성해 주는 효소(RNA-dependent DNA polymerase)인 reverse transcriptase를 처리한다.
맨 먼저 reverse transcriptase로 RNA를 complementary DNA(cDNA)로 역한다. 이때는 downstream primer만 사용하게 되는데 왜냐하면 RNA는 single strand이기 때문이다. 그 후 생성된 cDNA에서 일반적인 PCR의 과정을 밟아서 유전자를 증폭한다.
downstream primer는 크게 mRNA 뒤에 poly(A) tail이 붙는 것을 응용한 oligo(dT) primer, gene specific primer, 그리고 여기저기 붙는 random primer 이렇게 3가지가 존재한다.
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