일반적인 경우에서 Blunt End ligation 불가
RNA 결합 불가
NAD+를 cofactor로써 사용.
일반적인 DNA cloning에는 사용하지 않음
특별히 cohesive end 만을 ligation 하고 싶을때, RNA ligation을 막고 싶을때 사용
Vector size : 2700bp(40ng/ul)
Insert size : 300(40ng/ul)
Vector와 insert의 길이 비 : 9
Vector 1ul 안의 DNA 몰수 : A
Insert 1ul
1. Title : 16S rDNA preperation
2. Date : 2007.10.9, 2007.10.11
3. 실험 목적
각 세균의 16S rDNA를 추출하여 분석이 가능한 상태가 되게끔 한다.
4. 실험의 원리 및 이론
1) 16S rRNA란?
대부분의 세균은 세 개의 rRNA 유전자를 16S-23S-5S rRNA의 순서로 하나의 operon에 가지고 있다. 이중 16S rRNA 유전자가 세균의 동정
Low-melting temperature (LMT) – 저온에서 녹는 특별한 agarose사용
Electroelution – 전류를 통해 DNA를 분리하는 방법
1) Dialysis tubing : dialysis tubing 통해 DNA분리 방법
2) NA-45(nitrocellulose)membrane – Gel 조각에 NA-45membrane붙이고 전기장 주어 분리하는 방법
High-salt extraction – 고농도 Na+에 의해 agarose g
DNA extraction 시 사용되는 phenol의 pH : 7.9(RNA 시는 4.5)
Chloroform
Phenol이 작용시 적은 양이나마 수용액에 녹는다. 이렇게 녹은 phenol을 수용액에서 제거 및 Interphase가 잘 형성되게 해준다
Isoamyl alcohol
실험 시 거품이 생기는 거 방지 및 Interphase 형성 도움
Phenol : Chloroform : Isoamyl alcohol = 25 : 24 : 1 또는
Pheno
3. Dye-termination sequencing
Utilizes labelling of the chain terminator
Each of the four dideoxynucleotide chain
terminators is labelled with fluorescent dyes
Now being used for the vast majority of
sequencing projects
Challenge: differences in the incorporation of the dye-labelled chain terminators
into the DNA fragment
Blast
The Basic Local Alignment Search Tool