오염되기는 하나 그 양이 비교적 적으므로 물이 흐르는 동안에 하천의 자정작용능력에 의해서 정화된다.
하지만 인구가 많고 공장이 많은 지역을 통과할 때는 도시하수, 공장폐수 등에 의해서 오염될 기회 및 오염물질의 양이 많아져 수질의 악화를 가져온다.(대표적인 것이 한강이다.)
이런 지표수는
오염총량이 목표수질 보다 높게 혹은 낮게 배출하였는지 알 수 없어서 단속이 어렵기 때문이다. 또한 현재는 이 제도가 시행된 지 얼마 되지 않아 기초자료가 많이 부족하다는 사실이 집행․감시를 어렵게 하고 있다. 즉, 오염원 현황, 수계환경 및 지형 공간 등의 자료가 부족하여 정책의 집행․
5. 보조금 제도
실적보조금제도에는 오염원인자가 오염물질의 배출을 한 단위씩 줄일 때마다 일정액을 장려금으로 받는다. 간접보조금이란 예컨대 오염방지시설이나 환경보전 기술개발 등에 대한 정부의 금전적 보조나 융자 또는 세제상의 혜택 등을 말한다. 따라서 간접보조금은 오염억제효과가
환경오염을 초래한 시화호의 경우를 지적할 수 있다. 또한 에너지 수자원에 대한 저가정책(低價政策)은 자원의 과소비를 초래하여 결과적으로 대기·수질오염을 심화시켰다.
셋째, 환경과 관련된 업무의 종합·체계적 수행이 곤란했다. 환경행정은 종합적인 성격을 갖는다. 대부분의 정부정책은 직·간
환경행정이 전체적으로 효율화될 수 있도록 중앙 환경행정기관의 일선기관(환경관리청)과 지방자치단체간에서도 적용되어야 한다.
환경부 내부의 하부 구조를 다음과 같이 재조정할 필요가 있다. 첫째, 환경부의 내부조직의 설계에 있어 매체별 편제, 기능별(다매체적) 편제, 오염물질별 편제, 관리