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hwp원나라의 최고 주권자는 쿠빌라이칸과 그 적계(嫡系) 자손에 한정되어 그 권한은 초월적인 것이었다. 정치적 권력을 대표하는 중앙의 주요한 정치기구는 당시 성(省)원(院)대(臺)로 약칭되었던 3대 관청인 중서성(中書省; 정무 담당)추밀원(樞密院; 군사 담당) 및 어사대(御史臺; 관리들을 감찰하고, 정령의 집행 사항 관장)였다.
이 3관청은 3권을 분립시키고 황하 이북의 지역은 중서성에서 직할하고 그 밖의 지방에는 11개의 행중서성을 두어 지배하였다. 행(行)이란 출장소라는 뜻이며 행중서성을 행성(行省)이라 불렀다. 11개 행성은 영북, 요양, 하남강북, 섬서, 사천, 감숙, 강절, 강서, 호관, 운남, 정동 등이다. 중앙의 중서성과 지방의 행성과는 각각 권한이 달랐다. 중서성은 천자 직속으로서 천자로부터 직접 결재를 받을 수 있었으나 지방의 중요 안건은 말단 행정 기관으로부터 단계적으로 행성을 거쳐 중서성에 결재를 상신하는 절차를 거쳤다.
중서성은 황제의 명령인 법령을 입안(立案)기초하는 기관으로 그 아래에 이(吏)호(戶)예(禮)병(兵)형(刑)공(工)의 행정 6부를 두고 그 법령의 시행을 맡았다. 중서성의 장관인 중서령(中書令)은 가장 영예로운 관직으로, 황태자가 이를 겸임하는 것이 일반적이였으며, 그 아래에 우승상(右丞相)좌승상평장정사(平章政事) 등의 재상(宰相)과, 참지정사(參知政事)우승(右丞)좌승 등의 부재상을 두어, 중요한 정무는 모두 재상부재상들의 합의에 따라서 결정되었다. 이는 대부분이 몽골 귀족과 권세가 있던 색목인이 임명되었다.
또한 중서성 안에는 몽골 제국 시기의 습속에 따라 단사관을 적을 때에는 10여 명, 많을 때에는 30여 명이나 두어 황족과 귀족 사이의 소송 분쟁을 처리하였다.
세조 때 삼성 제도의 영향을 받아 문하성을 두자는 의견이 있었으나 채택되지 않았고, 또 상서성을 두어 재정을 맡았던 적이 있지만 폐지되어 1성 제도가 되었다.
또한 몽골 제국은 무력으로 세운 나라였지만 군직은 간단하였다. 즉, 만호장, 천호장, 백호장이 독립적 작전 단위로 대한(大汗, 칸)이나 황자, 종실 등이 이를 지휘하였으나 평시에는 아무 관계도 없었다. 그런데 세조 때 앞시대를 모방하여 추밀원을 설치하고 중서령과 같이 황태자가 겸임하였다. 추밀원은 군사조직을 통할하는 기관으로, 이것 역시 황태자가 겸하는 장관인 추밀원사(樞密院事) 아래에 지원(知院)원사(院使)동지(同知)부사(副使) 등의 여러 관직을 두었는데, 이 밖에 특히 중대한 군사기밀사항을 심의하기 위해 중서성에서 평장정사 한 사람이 파견되었다. 그리고 제국 초에는 간관이 없었으나 세조가 중원으로 들어온 다음 그 필요성을 알고 어사대를 두었다. 이러한 어사대부 등 중요한 직책은 대부분 친왕(親王)을 직접 임명하였다. 어사대는 관료기구의 숙정과 쇄신을 이루기 위한 감찰기관으로, 장관인 어사대부(御史大夫), 차관인 중승(中丞) 아래에 많은 감찰어사를 두어 끊임없이 여러 행정기관들을 순찰해서 부정을 적발하고 또한 민간의 풍기 유지, 교육의 진흥을 맡았다. 이상의 3대 관청 외에 재무를 맡아보던 제국용사사(制國用使司), 뒤에 승격해서 상서성(尙書省)으로 개칭한 특수관청이 있었는데, 이는 비상시 국가재정의 어려움을 타개하려 임시적으로 두었던 것으로 목적이 이루어지면 폐지되었다. 성원대의 3관청은 원래 상도(上都)대도(大都)를 포함한 직례지(直隷地)를 직접 관할하였다.
중앙에는 이 밖에도 대사농사(大司農司; 농사와 수리), 한림건국사원(韓林兼國史院; 황제 명령의 작성, 역사 편찬), 집현원(集賢院; 교육 사무), 태상시(太常侍; 종묘 사직), 비서감, 도수감(都水監) 등이 있었다. 또한 전국 불교와 티베트 지구의 행정 사무를 맡기 위하여 선정원(宣政院)을 두었다.
그 밖의 지역에는 이를 대행할 출장기관으로 행중서성(行中書省:약칭 行省)행추밀원(行樞密院:行院)행어사대(行御史臺:行臺)를 두었는데, 뒤에 점차 정리되어 상설관청이 되었다. 그러나 군정(軍政)은 일원화의 필요성에서 비상시가 아니면 행원(行院)을 두지 않고 모두 중앙의 추밀원이 관할하였다. 지방의 행성 및 행대는 비록 중앙의 성(省)대(臺)에 비해서 지위는 낮았으나, 모두 황제에 직속되는 관청으로서 절대적인 권한이 부여되어 있었다. 이들 대관청의 아래에 소속되는 지방행정 관청으로 선위사(宣慰司)가, 지방재무청으로는 전운사(轉運司), 지방감찰청으로는 숙정염방사(肅政廉訪司)가 있었다. 또한 이들 관청 아래에는 노(路)부(府)주(州)현(懸)사(司)의 지방행정관청을 두었다. 토번과 제왕의 봉지는 선정원에서 관할하는 이외에 전국을 하남강절강서호광섬서사천요양감숙운남영북성 등 10개 행성으로 나누었다. 행성의 장관은 평장정사, 좌우승 등이 있었다. ‘로’에는 총관, ‘부’에는 지부 혹은 부윤, ‘주와 ’현‘에는 주윤과 현윤이 있었으며, 또 별도로 달로 화적을 두었는데 몽골인으로 임명하여 지방관을 감독하였다. 현 아래에는 향(鄕), 도(都)가 있었고, 이정(里正), 주수(主首)가 있었다. 또한 소수 민족과 병경 지구에는 사정에 따라 선무사(宣撫使司), 초토사사(招討使司) 등이 설치되고 만호부, 천호부가 있었다. 지방행정관청의 수령은 대개 그 지방의 지식인을 임명하였으나 지방행정을 점검하는 정치감찰관으로 다루가치라는 관직을 두어 반드시 몽골인이나 색목인(色目人)을 임명하였다.
이와 같은 현지 출신 관리에 대한 감시제도는 정복(征服)왕조였던 원나라의 특징이었다.
