사업을 일시 정지하고 환경문제에 대한 중간점검과 필요한 추가대책 등을 마련하기 위해 민관공동조사단을 구성하여 99년 5월부터 2000년 6월까지 새만금호의 경제성, 수질, 해양환경 등을 조사했다. 이 과정에서 사업을 계속 추진하려는 정부 당국 및 해당 지자체인 전라북도와 새만금간척사업에 따른
방조제를 쌓고 2004년 내부개발까지 마칠 예정이었으나, 환경단체 등의 거센 반발과 법원의 공사 집행정지 결정 등으로 두 차례 공사가 중단되는 우여곡절을 겪으면서 준공 일정이 늦춰져왔다.
수질관리와 경제성이 쟁점이 되고, 1996년 5월 시화호 오염사건이 계기가 되어 새만금간척사업은 환경단
새만금간척사업에 대해서 생각해 보는 기회를 갖게 되었다. 현재 개발과 보존이라는 두가지의 상반된 이해관계를 둘러싸고, 새만금간척사업이라는 국책 사업이 갈피를 잡지 못하고, 자칫하면 그 원래의 취지조차 살리지 못한 채, 공중분해 될 위기에 놓여있다. 간척사업의 상당부분이 이미 진행된
사업 중 하나이다. 이는 농림수산부에서 구 농촌 근대화 촉진법 제 92조, 제 93조 및 제 96조와 공유 수면 매립법 제 4조의 규정에 따라 계획된 간척사업이다. 총 12조 8680억 원을 투입해서 전북 부안군 대정리에서 군산시 비응도에 이르는 세계 최장의 33km를 방조제를 쌓아서 그 안의 바다를 평지로 만드는