gel은 1kb이하 크기의 DNA를 분리하는데 이용된다.
(2) Agarose gel에서 DNA migration rate에 영향을 주는 factors
DNA molecule size, Agarose concentration, DNA의 conformation(superhelical DNA > circular DNA > nicked circular DNA), Applied voltage, Intercalating dyes, Electrophoresis buffer의 composition과 ion strength.
(3) 전기영동 완충액(Buffer)
TAE(Tris-acetate
실험적인 측면 또한 함양한다.
2. Date
실험기간: 2011년 11월 7일 – 11일, 총 5일
3. Experiment
3.1. Day 1 - 제한효소를 이용한 DNA 절단 및 분석, Ligation
3.1.1. Digestion of DNA with Restriction Enzyme
I. Apparatus
- Water bath, brief centrifuge
II. Reagents
- Plasmid, DDW, restriction enzymes [NdeI, BamHI], restriction enzyme reaction buffer
①
gel을 넣는다. (이 때 TAE buffer는 gel이 살짝 잠길 정도로 붓는다.)
④ 2 µl의 100bp DNA ladder를 loading하여 DNA size marker로 사용한다.
⑤ 확인하고자 하는 plasmid DNA를 차례로 DNA loading buffer(1 µl)와 섞은 후, 각각의 well에 loading한다.
⑥ 75V 전압에서 전기영동을 하여, DNA가 충분히 분리되도록 한다. (Loading b
존재한다. DNA를 상온에서 보관할 경우 DNA간 충돌에 의해 파괴될 수 있기 때문에 냉동보관 해야 한다.
- centrifuge의 원리 : centrifuge란 회전에 의한 원심력을 이용하여 성분이나 비중이 다른 물질을 분리시키는 장치를 말한다. 원심력의 크기, 입자의 크기와 밀도에 따라 침전되는 물질이 달라진다.